Đối với thực vật có hoa, tự phối có nhược điểm là cho ra lượng đa dạng di truyền thấp ở những loài mà sử dụng nó như là phương thức sinh sản chủ yếu. Điều này khiến những loài đó đặc biệt dễ nhiễm mầm bệnh và virus có thể gây hại cho loài. Thêm nữa, loài trùng lỗ sinh sản bằng phương thức tự phối, kết quả là đã sinh ra thế hệ sau nhỏ hơn về cơ bản.[3] Điều này ám chỉ rằng vì đó nói chung là một cơ chế tồn tại khẩn cấp cho các sinh vật đơn bào, cơ chế này không có tài nguyên dinh dưỡng thứ sinh vật sẽ cung cấp nếu như nó đang trải qua quá trình nhị phân.